Công tác hợp tác quốc tế của Khoa trong những năm gần đây đã có nhiều khởi sắc, nhiều mối quan hệ với các trường đại học trên thế giới được duy trì và phát triển, tạo điều kiện để đội ngũ giảng viên có điều kiện tiếp cận với kiến thức hiện đại và nâng cao trình độ chuyên môn và năng lực giảng dạy, nghiên cứu khoa học trong đội ngũ giáo viên và sinh viên.
Hiện tại Khoa đang hợp tác với một số trường Đại học :
1, Đại học Tromso - Na uy (Chi tiết)
2, Đại học Ohio - Mỹ (Chi tiết)
3, Đại học Arizona - Mỹ (Chi tiết)
4, ĐH New Caledonia - Pháp (Chi tiết)
5, ĐH Georges Mason - Mỹ (Chi tiết)
6, ĐH Auvergne - Clermont Ferrand 1 (Chi tiết)
Bên cạnh đối tác chính đã mang lại nhiều sự thay đổi quan trọng và có ý nghĩa cho hoạt động đào tạo, nghiên cứu khoa học và phát triển nhân lực Khoa cũng đã bước đầu xây dựng và phát triển quan hệ hợp tác trao đổi thông tin, hợp tác nghiên cứu và đào tạo với các đối tác sau :
- Hội đồng nghiên cứu Thuỷ sản Nauy (hợp tác nghiên cứu).
- Tổ chức nghiên cứu môi trường Châu Á - Thái Bình Dương APN (hợp tác nghiên cứu).
- Đại học Thượng Hải Trung Quốc, Đại học Ruhuna Srilanka, Đại học Chittagong Bangladesh (hợp tác đào tạo chương trình cao học quốc tế NOMA - FAME).
- Tổ chức IIFET (trao đổi thông tin và hợp tác chuẩn bị tổ chức hội nghị ). Khoa đã phối hợp với Nhà trường tổ chức thành công Hội nghị Kinh tế và Thương mại Thuỷ sản thế giới IIFET vào tháng 7/2008.
- Tổ chức nghiên cứu Kinh tế tài nguyên và môi trường Châu Âu EAERE (trao đổi thông tin).