Khoa Kinh tế được thành lập vào ngày 10 tháng 11 năm 1982, trên cơ sở Bộ môn Kinh tế thủy sản, nhằm đào tạo đội ngũ cán bộ trong lĩnh vực kinh tế thủy sản. Khi mới thành lập, Khoa chỉ có ba Bộ môn với một chuyên ngành đào tạo duy nhất là Kinh tế thủy sản. Đến năm 1996, Khoa mở thêm hai chuyên ngành đào tạo Kế toán doanh nghiệp và Quản trị kinh doanh. Năm 2002 mở chuyên ngành Kinh tế thương mại và năm 2004 mở chuyên ngành Tài chính doanh nghiệp, đồng thời bắt đầu đào tạo thạc sĩ chuyên ngành Kinh tế thủy sản. Năm 2008 bậc đào tạo thạc sĩ có thêm chuyên ngành Quản trị kinh doanh. Tháng 4 năm 2010 Nhà trường tách 2 ngành Kế toán và Tài chính để thành lập Khoa Kế toán –Tài chính và tháng 01/2019 thành lập Khoa Du lịch trên cơ sở Bộ môn Du lịch.
Hiện nay Khoa có 05 Bộ môn: Quản trị Kinh doanh; Thương mại; Marketing, Kinh tế học, Quản lý kinh tế; Tổng số cán bộ, giảng viên của Khoa là 49 người (2 GV kiêm nhiệm, 1 VCHC-PV), trong đó có: 06 PGS, 21 Tiến sĩ và 22 Thạc sĩ. Hơn 3000 sinh viên, học viên và NCS đang theo học ở các bậc đào tạo đại học và Sau đại học với các chuyên ngành cử nhân: Kinh tế (gồm 2 chuyên ngành Kinh tế thủy sản và Quản lý kinh tế), Kinh doanh thương mại, Quản trị kinh doanh, Marketing, Kinh tế phát triển; 3 chuyên ngành thạc sĩ: Quản trị kinh doanh, Kinh tế phát triển và Quản lý kinh tế; 02 chuyên ngành Tiến sĩ: Quản trị kinh doanh, Kinh tế và Quản lý tài nguyên biển.
Công tác nghiên cứu khoa học của Khoa trong những năm gần đây đã có nhiều khởi sắc. Nhiều đề tài trọng điểm cấp Nhà nước, cấp bộ, đề tài cấp bộ, cấp tỉnh, cấp trường đã và đang được thực hiện, góp phần thiết thực cho việc quản lý có hiệu quả nền kinh tế, nâng cao chất lượng giảng dạy, chất lượng nghiên cứu khoa học trong đội ngũ giảng viên và sinh viên.